A、孟德尔两对相对性状的杂交实验符合分离定律和自由组合定律,分离定律是自由组合定律的基础;故A错误.B、孟德尔认为性状是由遗传因子决定的,基因是由丹麦生物学家约翰逊提出的;故B错误.C、为了验证假说是否正确,孟德尔设计了测交实验;故C错误.D、豌豆杂交实验的过程,是在孟德尔观察到有关自然现象的时提出了问题,再针对问题进行解释,通过设计实验来验证相关解释,如测交就是在F1自交的基础上,发现性状分离比为3:1后提出了假设,然后设计了测交实验进行验证;故D正确.故选D.