各个细菌的大小并不一致，但是都必须用显微镜方能一睹庐山真面目。细菌大小 的单位是微米（μm）。像是杆菌长约0.5-10μm，宽约0.2-1.0μm；球菌的直径约为0.3-1.2μm；螺形菌的长约3-50μm。不仅不同种的细菌大小不同，即使由同一个细菌增生出的细菌也会有不同的大小。
细菌具有不同的形状。大部分细菌是如下三类：杆菌是棒状；球菌是球形（例如链球菌或葡萄球菌）；螺旋菌是螺旋形。
杆菌 菌端多圆钝，菌体呈杆状，或微弯。杆菌的大小依种类不同而有异，例如大肠杆菌长2-3μm，流行性感冒杆菌长0.7-1.5μm。排列方式有三种：单独、成双、成链。
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