事业单位对于在职残疾军人的工资是依据在职员工同等待遇发放的。在职残疾军人在机关（公务员）、事业单位、企业就是普通员工，只有依据《军人抚恤优待条例》第三十五条规定： 在国家机关、社会团体、企业事业单位工作的残疾军人，享受与所在单位工伤人员同等的生活福利和医疗待遇。
同样的依据《工伤保险条例》第十五条第三款规定：职工有下列情形之一的，视同工伤：
（三）职工原在军队服役，因战、因公负伤致残，已取得革命伤残军人证（现为《残疾军人证》），到用人单位后旧伤复发的。职工有前款第（三）项情形的，按照本条例的有关规定享受除一次性伤残补助金以外的工伤保险待遇。
也就是说，在职残疾军人在用人单位后旧伤复发的病休期间，视为工伤待遇、不予扣除工资、奖金等福利待遇。
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