正在考试C1驾驶证期间摩托车驾驶证被扣12分怎么办

应当在十五日内到当地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》
第五章 机动车驾驶人管理

第一节 记分
第六十八条机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。
机动车驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。
机动车驾驶人在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上的，车辆管理所还应当在道路交通安全法律、法规和相关知识考试合格后十日内对其进行道路驾驶技能考试。接受道路驾驶技能考试的，按照本人机动车驾驶证载明的最高准驾车型考试。

如果原来就未持有驾驶证，则没有扣12分的说法，缴清交通违法罚款即不会对正在申请的c1驾驶证构成影响。但是如果原本持有驾驶证而办理c1驾驶证增驾业务的话，驾驶无牌机动车会导致一次性记满12分，不能继续申请增驾驾驶证（即使所有考试科目都通过了，也不能发出驾驶证）。