浙江中医药大学第二临床医学院的前身是筹建于2000年的浙江中医学院医学系，2004年与浙江省新华医院（其前身为浙江省建工医院）实行院系合一的办学模式，成立浙江中医学院医学系，2006年随着学校更名为大学和机构调整，设立浙江中医药大学第二临床医学院。
