A、生物进化的实质是种群基因频率的定向改变，A正确；B、共同进化是指不同物种之间、生物与无机环境之间，相互影响，不断发展进化，B错误；C、地理隔离不是新物种形成的必要条件，有的新物种可以不经过地理隔离而直接出现生殖隔离，如植物多倍体的形成，C错误；D、最早登陆的生物是地衣植物，D错误．故选：A．
