劳动法法规明确规定，用人单位不得扣押劳动者的各种证件。你可以向劳动局举报，或者直接申请仲裁，如果要起诉的话，是必须先仲裁的。
最高法院出台劳动争议案件司法解释（二）
第五条劳动者与用人单位解除或者终止劳动关系后，请求用人单位返还其收取的劳动合同定金、保证金、抵押金、抵押物产生的争议，或者办理劳动者的人事档案、社会保险关系等移转手续产生的争议，经劳动争议仲裁委员会仲裁后，当事人依法起诉的，人民法院应予受理。
如果争议发生已经超过60天，则不能提起劳动仲裁，但是可以在用人单位所在地法院提起诉讼，根据相关劳动法规，即便是你违约，你的毕业证也是肯定要返还的。
可以起诉
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