元太祖成吉思汗把二弟合撒儿分封在今额尔古纳河、海拉尔河流域呼伦贝尔大草原、外兴安岭一带的广袤土地,成为“东道诸王”之一。成吉思汗扩编带弓箭的“豁儿臣”即科尔沁护卫军。合撒儿为兀勒都赤(指挥者),负责斡耳朵(大汗营帐)的警卫和警戒的重任。“科尔沁”由军事机构的名称逐渐演变成合撒儿后裔所属各部的泛称,形成了著名的科尔沁部。蒙古族历史上赫赫有名的嫩科尔沁、阿鲁科尔沁、四子部、茂明安、乌拉特及青海和硕特等部族均属科尔沁部分支。其中最著名的要数嫩科尔沁部,是通辽市的驻地,科尔沁区于1999年在通辽市撤盟设市时成立。由此科尔沁也被世人瞩目,享有草原明珠·科尔沁的美誉。
明嘉靖三年(1524年), 合撒儿14 世孙奎蒙克塔斯哈喇一系为躲避战乱,率部从世袭领地南迁游牧于嫩江流域,为区别于同族之阿鲁科尔沁,称为嫩江科尔沁,即嫩科尔沁,名称由此开始固定。
明天启四年(1624),科尔沁部首领与努尔哈赤于伊克唐噶哩坡刑白马乌牛正式结盟。1626年,努尔哈赤封奥巴为土谢图汗。
明崇祯九年(1636年)三月二十日,内蒙古24部49名封建领主与后金满蒙汉文武官员百余人在盛京召开大会。共推后金国主皇太极为“博克达彻辰汗”,改国号为“大清” 。从此嫩科尔沁所属四部10旗分左右两翼会盟于科尔沁右翼中旗境内的哲里木山下,形成哲里木盟,又称“嫩江十旗”。
这十旗分别是: ——右翼:科尔沁右翼中旗:俗称图什业图旗。
科尔沁右翼前旗:俗称扎萨克图旗。
科尔沁右翼后旗:俗称公爷旗。
杜尔伯特旗。
扎赉特旗。
左翼:科尔沁左翼中旗,俗称达尔罕旗。
科尔沁左翼前旗,俗称宾图旗。
科尔沁左翼后旗,俗称博王旗。
郭尔罗斯前旗。
郭尔罗斯后旗。
历史上,孝庄文皇后、孝端文皇后、福临的皇后、僧格林沁、嘎达梅林都是来自内蒙古科尔沁草原的。