2003年，又将19个镇调整为14个镇，南汇区辖惠南、康桥、周浦、航头、新场、宣桥、六灶、祝桥、大团、老港、书院、万祥镇、泥城、芦潮港14个镇，52个居民委员会，195个村民委员会，3697个村民小组。2006年11月，南汇区第一个街道－－申港街道在临港新城成立。申港街道面积22平方公里，位于滴水湖西侧。
