太仓上班缴费的是城镇职工医疗保险,合作医疗是农村的医疗保险。都属于社会保险,只能享受其中一种待遇。即然在太仓上班了缴费参保了,就作为城镇职工享受医疗。但是你这个是异地就医会涉及零星报销,操作上可能有点麻烦。老家的合作医疗是不是也要自付后再进行零报,还是可以直接在医院记帐结算?如果是后者,比较一下两地待遇差和零星报销操作简易度取个性价比高的。是前者的话直接去大仓报销吧。反正都比交麻烦的。