A、自然选择是指自然环境对个体进行选择，保留种群的有利基因，新基因产生的是基因突变，A正确；B、地理隔离导致种群基因库出现差异，可能导致生殖隔离，B错误；C、自然选择过程中，直接受选择的是表现型，C错误；D、基因突变具有多害少利性，不能决定生物进化的方向，可能与进化的方向相同，也可能不同，D错误．故选A．
