A、生物变异的来源有基因突变、基因重组和染色体变异，A正确；B、基因重组是生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合，进而形成多种基因型，B正确；C、基因重组发生在有性生殖的过程中，即减数分裂形成生殖细胞的过程中，C正确；D、非同源染色体上的非等位基因可以发生自由组合，属于基因重组，D错误．故选：D．
