孔繁森在母亲年迈、3个孩子尚未成年、妻子体弱多病的情况下,仍然克服困难,再次带队进藏,任拉萨市副市长,分管文教、卫生和民政工作。为了发展当地教育事业,他跑遍了全市8个区县所有公办学校和一半以上的乡、村办小学,拉萨的适龄儿童入学率从45%提高到80%。全市56个敬老院和养老院,他走访过48个,给孤寡老人送去了党和政府的温暖。因西藏偏远地区医疗卫生条件较差,他每次下乡时都特地带一个医疗箱,买上数百元的常用药,送给急需的农牧民。一个医药箱虽然解决不了所有问题,但对接受治疗的患者来说,却往往是性命攸关。
1992年底,孔繁森第二次调藏工作期满,西藏自治区党委决定任命他为阿里地委书记,这一任命意味着孔繁森将继续留在西藏工作,面对人生之路又一次重大选择,他毫不犹豫地服从了党的决定,人民的需要。阿里地处西藏自治区的西北部,平均海拔4500米,被称为“世界屋脊的屋脊”。阿里的面积相当于两个山东省,而人口仅有六万,地广人稀,这里长年气温零度以下,最低温度达零下40多度,每年7至8级大风占140天以上,恶劣的自然环境,艰苦的生活条件使许多人都望而却步
1992年,拉萨市附近发生了地震,曲尼、曲印和贡桑三个藏族孩子失去了亲人,成了孤儿,孔繁森就把他们接道自己的身边,像对待亲生儿女一样抚养他们
一天夜里,孔繁森悄悄的来到医院,请求献血,医生见他年纪大了,身体又不好,没有同意,经孔繁森再三恳求,医生才勉强答应
孔繁森用献血所得的营养费,帮助这几个孤儿上学、读书,藏胞们知道了这件事,都感动的留下了热泪他们深情地唱道:
太阳和月亮
有同一个母亲,
她的名字叫光明,
汉族和藏族
有同一个母亲,
她的名字叫中国!