微生物与植物形成的共生体有根瘤、叶瘤和菌根。根瘤是根瘤菌与豆科植物形成的共生体，根瘤菌在共生体根瘤中利用植物光合作用产生的碳水化合物作生长和固氮的碳源和能源，固定后的氮素除部分用于自己所需外大多输送还、给植物，而植物把光合作用产物提供给根瘤菌。若两者分开，根瘤菌则难以固定氮素，豆科植物则生长不良。
最典型的例子是石蕊地衣。共生有互利共生，偏利共生。
