给你查了下上海边检的官网，你说的这种情形，官方的回答如下： 使用边检机关的自助通关系统办理边检手续是免盖验讫章的。中国公民自助通关后未离开边检现场的，可以当地向边检人员提出补盖验讫章需求，由边检机关安排补盖验讫章。中国公民自助通关后已经离开边检现场的，可以向当地公安机关出入境管理部门或边检机关查询出入境记录，出入境记录具有与边检验讫章相同的证明效力。
所以，自助通关后，想盖入境章的，不要离开关卡现场，要马上向边检请求补盖章。不过，如果这么玩，还不如老老实实地排队盖章入境呢。
不盖出入境章，如今很普遍，西方发达国家更是如此。没什么好担心的。