原则上赔偿直接损失，具体说：
因违法实施行政许可给当事人合法权益造成损害的，行政机关应当对受害人的直接损失承担赔偿责任，“直接损失”包括：停产停业期间的经常性费用开支；财产价值的减损；参加招标、投标等程序的先期投入；与个人生存技能有关的许可证被吊销或扣押期间的收入等。
与第三人恶意串通违法审批给当事人造成损害的，由行政机关负赔偿责任；第三人提供虚假申请材料，但行政机关怠于履行审查职责给当事人造成损害的，由行政机关承担与其违法行为相适应的赔偿责任。经调解，行政机关确定的补偿数额明显偏低时，法院可直接判决补偿的具体数额（包括直接财产损失范围以及为防止损失扩大所支出的费用）。
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