小糠草为多年生草本。
1.根
具根状茎，浅生地表，靠匍匐短根茎向四周延伸。须根纤细。根茎在4～15cm深的土层中。匍匐根茎较粗壮，絮结成稀疏草皮，形成底层草。
2.茎
茎秆直立或下部的节常膝曲而倾斜上升，株高70～150cm，秆具4～6节。
3.叶
叶鞘无毛，多短于节间；叶舌膜质、尖状，长4～6mm，背部微粗糙；叶片线形，几乎都是从根际生出的基生叶。叶扁平而尖，长4～15cm，宽3～8mm，边缘及背面具小刺毛而粗糙。
4.花
圆锥花序呈微红色，故又称“红顶草”。花序尖塔形，疏散展开，长约14～30cm，宽7～15cm。花序每节具多数簇生的分枝。小穗小而多，只具1花，长约2～3mm，小穗柄长1～3mm，微粗糙，先端膨大；主枝长可达9cm；外稃长1.8～2mm，无毛，不具芒；内稃长约为外稃的2/3或3/4，具2脉，先端全缘或微有齿；雄蕊3枚，花药长1～1.2mm；子房长0.5mm，柱头2裂，羽状分枝。
5.果实
颖果纺锤形，淡黄色，长约1.5mm，宽0.5mm。花果期8~9月。种子细小，疏松地包裹在颖内。千粒重0.10～0.22g，每千克种子约2500万粒左右。
细胞染色体：剪股颖属植物染色体基数为7。小糠草为2n=14，28，42，有三个倍性水平。
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