A、胚乳中有精子提供的基因，所以胚乳的性状上可以直接表现出父本的某些性状，A正确；
B、种皮和果皮的确都由母本发育来，但是“不会出现父本性状”太绝对了．如果两个亲本性状一样，比如，亲本都是黄色果皮，那后代的黄色果皮出现父本性状，B错误；
C、在合子中，精子会提供一些线粒体DNA给合子，造成线粒体DNA异序性（heteroplasmy）的原因，C错误；
D、E都错，太绝对，因为基因表达受到很多因素的调控，丢失或损伤与否只是其中因素之一．
故选A
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