个人觉得单单从专业来讲，两个学校其实都差不多的，都不属于国家或者省重点学科，都是硕士学位授权一级学科点，只是可能因为南京大学综合排名更靠前，可能它的软件工程排名会稍微靠前一点。
计算机和软件，显然是南京大学更强，当然东南大学这方面也是很强的。
