细菌通常与真菌一起用于酦酵食物
例如在醋的传统制造过程中,就是利用酵母菌（真菌）发酵产生酒精,空气中的醋酸菌（细菌）（Acetobacter）使酒转变成醋.其他利用细菌制造的食品还有奶酪、泡菜、酱油、醋、酒、优格等.
细菌能够分泌多种抗生素,例如链霉素即是由链霉菌（Steptomyces）所分泌的.
真菌也能分泌多重抗生素,例如青霉菌分泌的青霉素
细菌能降解多种有机化合物的能力也常被用来清除污染,称做生物复育（bioremediation ）.举例来说,科学家利用嗜甲烷菌（methanotroph）来分解美国佐治亚州的三氯乙烯和四氯乙烯污染.
细菌真菌还可以作为基因工程的工程菌,生产药品!
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