A、突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，A错误；B、新物种的形成大多要经过长期的地理隔离导致出现生殖隔离，B正确；C、生物进化的实质是基因频率的改变，生物发生了进化，但不一定会出现新的物种，C正确；D、生物多样性包括遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性三个层次，D错误．故选：BC．
