南京地铁集团有限公司内设7个部门包括办公室、组织宣传部、人力资源部、规划企划部、资产管理部、财务部、监察室,2个直属单位:南京地铁土地储备分中心、南京地铁交通设施保护办公室,3家全资子公司:南京地铁建设有限责任公司、南京地铁运营有限责任公司、南京地铁资源开发有限责任公司。集团定位为资金的平台、资产的平台、资源的平台,以资金、资产、资源为纽带,通过建立和完善公司治理机制、业务管控机制、财务监管机制、干部聘用机制、绩效考核机制、项目管理机制和资金平衡机制等七大配套机制,协同好与建设、运营、资源开发三个子公司的关系,促使三家子公司集中精力完成好南京地铁自身建设、运营和资源开发任务。
南京市域轨道交通共计22条线路,其中城市轨道14条,都市圈轨道8条,老城、主城、中心城轨道线网密度分别达1.36、0.90、0.62km/km2。老城区轨道站点600m半径覆盖率达75%,主城区轨道站点800m半径覆盖率达70%。