两个站是一样的。花都客运站是广州市第二公共汽车公司所属的汽车客运站，就在广州火车北站（即花都火车站）旁；花都长途汽车客运站（总站），是花都市交通局所属的汽车客运站，在广州北站后面。一般花都区内或往返广州城区的班次在花都客运站搭乘，市际及省际长途班次在花都长途汽车站（总站）。
