我家盖房房后留了两米后院二层想留窗户后邻居不让怎么办

你的问题因为没有图纸再加上你描述的不够明确，所以只能笼统的回答。
你说的情况可能涉嫌侵犯邻居的相邻权和隐私权。

相邻权指不动产的所有人或使用人在处理相邻关系时所享有的权利。具体来说，在相互毗邻的不动产的所有人或者使用人之间，任何一方为了合理行使其所有权或使用权，享有要求其他相邻方提供便利或是接受一定限制的权利。相邻权实质上是对所有权的限制和延伸。

在我国现行法律中，《侵权责任法》第二条讲民事权益范围中包括了隐私权。
根据我国国情及国外有关资料，下列行为可归入侵犯隐私权范畴：
1、未经公民许可，公开其姓名、肖像、住址、身份证号码和电话号码。
2、非法侵入、搜查他人住宅，或以其他方式破坏他人居住安宁。
3、非法跟踪他人，监视他人住所，安装窃听设备，私拍他人私生活镜头，窥探他人室内情况。
4、非法刺探他人财产状况或未经本人允许公布其财产状况。
5、私拆他人信件，偷看他人日记，刺探他人私人文件内容，以及将他们公开。
6、调查、刺探他人社会关系并非法公诸于众。
7、干扰他人夫妻性生活或对其进行调查、公布。
8、将他人婚外性生活向社会公布。
9、泄露公民的个人材料或公诸于众或扩大公开范围。
10、收集公民不愿向社会公开的纯属个人的情况。
11、未经他人许可，私自公开他人的秘密。

只是房子不违法，什么位置留窗户都可以。
但是有些邻居可能迷信还是为了隐私什么的不愿意让留，为了邻里和谐可以调整位置或不留，这要看自己和邻居的关系。
最重要的是，只要你这个房子改出来合法墙上想怎么装窗户，别人都是管不到的，
各地有各地的风俗习惯，我感觉邻里之间还是相互尊重比较好，如果关系弄得很僵的话，自己的生活也不会愉快，祝你生活幸福。

只是房子不违法，什么位置留窗户都可以。
但是有些邻居可能迷信还是为了隐私什么的不愿意让留，为了邻里和谐可以调整位置或不留，这要看自己和邻居的关系。
最重要的是，只要你这个房子改出来合法，墙上想怎么装窗户，别人都是管不到的，

房屋建在 自己的 宅基地上了 并且 后面 还有两米的 距离 我觉得 在自家的 地方 他管不着