你描述的比较乱，不过我大概能理解你的意思。
因为没有具体的代码，所以也只能说说思路。
按我的理解，重新描述你现在的问题是：
通过模板渲染，或者 ajax 异步载入的 html 内容，会通过 innerHTML 或者一定的 DOM 操作，插入到文档中。你希望在这段文档碎片插入后，执行一些脚本。但是遇到的问题是：插入的脚本无法执行。
那么我的建议的解决方法有以下几种：
1、第一种方法，通过设置定时检查，来判断内容是否完成载入。
在 {{data.content}} 中放一个 “标识”。例如：
。。。。。
然后在整个页面的脚本中，加一个定时检查器 (下面代码放在整个页面的 head 里)：
var flag = false; // 一个状态标记，记录需要进行的脚本是否执行过
// 用来检查的函数
function check(){
// 如果脚本已执行过，则退出，避免重复执行。
if (flag) return;
// 尝试获取 {{data.content}} 中的 “标识”
var obj = document.getElementById('a_special_id');
// 如果获取成功，说明代码已经完成载入
if (obj) {
// 这里放上你想要进行的操作，例如你问题中的：
jQuery(document).ready(function() {
jQuery('.media-frame-content').css("height",winheight);
});
// 设置状态标记，避免脚本重复执行
flag = true;
} else {
// 如果代码没有完成载入
// 设置定时器，过一段时间再次检查
setTimeout(check, 100);
}
}
// 开始检查
check();
2、 第二种方法，是针对为什么插入的脚本不能执行来解决的。
一般来说，通过 innerHTML 或者 DOM 方法插入的 script 脚本都不能正常执行。
那么应该在你的模板解析函数中，进行一定的判断处理。
例如 ajax 获得服务器返回的数据后，检查有无 script 块，如果有，则提取其内容，并通过 eval 来执行。
示例代码：
// 伪代码，假设下面是一个通过 ajax 获取 get.php 页面得到返回数据的模式
$.ajax('get.php', function(data){
var reg = /