职员合同，属劳动合同，公司就负责任的东西太多了，还得上保险什么的。而合作协议，就简单了，回避用人问题了，两个或公司合作完成某一项目，成功按协议分成，不成功互相也没关系。说白了，就是回避用人的事。
劳动合同关系受《劳动法》《劳动合同法》的保护，合作协议则不是。如果形成劳动合同关系，可以享受国家对劳动者提供的所有福利、待遇，如社保、公积金、最低工资保障等。而劳务合同或合作协议则不能享受。
