自然界中，酵母菌分布广泛，但多分布在含糖较高的偏酸环境中，如水果、花、树皮上，（有些可与昆虫共生，有些使人致病，如白色假丝酵母引发鹅口疮、肺感染。食品中常见的酵母菌有啤酒酵母、葡萄汁酵母、鲁氏酵母(酱油酿造)、球拟酵母属、粉状毕赤氏酵母等。）一年四季，土壤始终是酵母菌的大本营。
麴菌。
米麴菌，日文名为麴菌。麴菌因其广泛的应用性以及极高的安全性，被日本酿造学会认定为是日本的国菌。麴菌自古以来就被广泛运用在日本的酿造业中，从产业的角度看也是不可或缺的重要菌种之一，同时麴菌在作为食品安全性上也已经被得到证实。
米曲霉
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