根据《机动车驾驶证申领和使用办法》（公安部139号令）规定，申请残疾人专用小型自动挡载客汽车准驾车型的驾驶证（C5）上肢应符合：一只手掌缺失，另一只手拇指健全，其他手指有两指健全上肢和手指运动功能正常，且双下肢健全且运动功能正常，不等长度不得大于5厘米。
根据您的情况，如果另一只手没有问题的话，应该是可以申请C5驾驶证的。
