A、二倍体西瓜与四倍体西瓜杂交可获得三倍体西瓜，A错误；B、依据染色体形态可判断染色体变异，但不能确定基因突变，B错误；C、在减数分裂和有丝分裂的过程中都可发生染色体结构变异，C正确；D、只有基因突变能产生新基因，基因重组通过产生新基因型表现新性状，D错误．故选：C．
