一式两份的协议只签了一份，会有什么隐患？

　　一式两份的协议只签了一份的，协议仍然有效，因只有一份，故有一方当事人必然无法持有协议原件，这是有巨大法律风险的：
　　1、持有方有单方修改协议内容的可能，如果另一方无法证明协议是一方事后单方修改或未经同意修改的，则在法律上要以修改后的协议内容为准，这样就可能会对另一方产生不利影响。
　　2、如果因履行协议产生纠纷，不持有协议的一方想要维权的，因无法提供协议，就有可能无法按协议约定来追究对方的法律责任，对自己的维权造成法律阻碍。

广东胡律师：

补充回答：属于无效协议。

公司没有给你一份并且也没有支付你相关保密协议的保密款，这个保密是无效的。

你还好意思说你的工作涉及到公司机密，就你这样子草率签协议的行为你怎么能胜任涉及到机密的工作呢！你那公司也没有脑子！
你更没有脑子，现在情况对你很不妙！！！
你只能找公司明讲看看，如果你在乎这工作你就受制于公司，如果你还有办法另谋高就最好和公司打这官司后另谋高就！！！

这样的话对您的风险会很大。因为公司可以随便在合同上填内容。如果您与公司之间有纠纷，对您非常不利。

只有一份证明确实很棘手
只有一份，但是却有你签名，一旦发生纠纷，一方面公司可以擅自修改证明（你也说是空白的），另一方面，因为你有签名，公司可以主张确实是一式两份，而你无法提供你的协议，对方有你签名协议，法院很难采信协议只有一份的言辞，对你很不利
最好的办法：立刻通过诉讼要求公司给你保密协议，这样起码你手里有一份保密协议，即使不大合理（未违法），但是按照协议你不会出现什么违规而被主张违约金的问题，到时候公司手里的那一份也不敢随便修改，你也有一份，一旦出现两份不同的情况，依照法律相关精神和规定，利点是归于你的。前提是你必须有一份保密协议。