A、突变是不定向的,不能决定生物进化方向,自然选择决定生物进化的方向,A错误; B、新物种形成的标志是生殖隔离,但不一定是通过自然选择过程形成的,也可以人工培育形成,如四倍体西瓜,B错误; C、同一物种的雌雄个体之间可以相互交配并产生后代,C错误; D、农药可以对害虫进行选择,保留抗药性个体,淘汰不抗药的个体,使害虫种群的抗药基因频率提高,进而使害虫朝抗药性逐渐增强的方向进化,D正确. 故选:D.