查询对方增值税发票是否认证的方法有：
1、如对方已经申报了，企业在自己的税控系统会查询到，如果查询不到，可能就是认证不通过；
2、企业拿本票认证确认一次；
3、最直接的方法是询问对方该票是否已经申报纳税成功了。
根据国家税务总局《关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》【国税发[2002]10号】规定，一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前未通过防伪税控认证系统的认证，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
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