若是有效证件扣押则是违法的,但只是保留这些证件的复印件则为合法,按照相关法律规章要求及每个公司内部规定,都要保留相关资料到一定期限后再废除掉的,若你发现该单位利用你资料进行其他的非法的行为是可以举报或投诉的.