1854年巴斯德担任里昂理科大学教授,在其执教於里昂理科大学期间,他专心致力於教学及研究当地工业上所遇到的难题.当时,里昂的发酵工业蓬勃发展,也正面临著瓶颈-酒的产量逐渐变少且易变酸.巴斯德深入研究酒变酸的原因,结果发现,发酵液内有一种小生物生长繁殖(后来被称为酵母菌),而在变酸的发酵液中除了上述的生物外,还有另一种生物的存在(后来被称为乳酸菌).当时大家普遍相信酒精是由糖发生化学变化而产生,并没有其他生物参与,而巴斯德的研究结果显现发酵需有某种微生物的存在才得以进行,且引起发酵的生物,须在无氧的环境中生活.此理论深深地震撼当时的社会,也引起许多人士的质疑,经巴斯德不断地深究,推导,终於向世人证明他的理论是正确的.
巴斯得灭菌法
1860年代,法国的酿酒业正遭遇著大难题-酒易变坏而难以储存和运送.巴斯德利用既有的研究成果进一步探索,发现只要在55~60℃时加热,便可以杀死使酒酸败的微生物而延长酒的储存期,因而治好了法国的酒病.而现代的食品工业常使用的灭菌法-巴斯德灭菌法,将饮料(包括牛奶)在远低於沸点的温度下加热,以避免破坏产品品质并延长储存期的灭菌方法,也是源自於巴斯德.
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