有两个从句。一个是understand 的宾语从句:that we are a part of ... 句末。另一个是 修饰anything 的定语从句:which threatens the ecosystem
he ate 和 scientists say 都是所谓的定语从句做后置定语,修饰前面的先行词 the apple / a point. 因为这些名词后面有定语从句的限定修饰,所以它们多为特指。