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在法庭审判中，如果当事人申请公诉人回避由检察长决定的。
刑事诉讼中的回避，是指司法人员因与案件或案件当事人具有某种利害关系或其他特殊关系，可能影响刑事案件的公正审理，而不得参加对该案进行的诉讼活动的一项诉讼制度。人民法院审判人员的回避，旨在确保法官、陪审员在诉讼中保持中立无偏的地位，使当事人受到公正的对待，尤其获得公正审判的机会。
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百九十四条规定：“人民检察院在审判活动监督中，如果发现人民法院或者审判人员审理案件违反法律规定的诉讼程序，应当向人民法院提出纠正意见”。“出席法庭的检察人员发现法庭审判违反法律规定的诉讼程序，应当在休庭后及时向本院检察长报告”。“人民检察院对违反程序的庭审活动提出纠正意见，应当由人民检察院在庭审后提出”。据此，出庭支持公诉的公诉人对于法庭组成人员违反回避规定的，在现有的法律制度框架内，只能在休庭后向本院检察长报告，由人民检察院在庭审后提出纠正意见，而不得在庭审中申请审判人员回避。
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