如果向法院提交了公司法定代表人证明书，仅有法定代表人签字，没有加盖公司印章，这份调解协议是合法有效的。《民事诉讼法》第四十八条 公民、法人和其他组织可以作为民事诉讼的当事人。法人由其法定代表人进行诉讼。其他组织由其主要负责人进行诉讼。
法定代表人签字可代表公司，不盖章依然有法律效力。
