x档案4分之一的集数为主线剧情，即与外星人有关的政府秘密。其他为一集一个故事，有少数是两集一个故事。还涉及其他很多科学不能解释的事件。
基本是一两集一个故事，外星故事是贯穿九季的主线，但是分量并不重其他超自然现象的内容很多，通灵、时空问题、超能力……，什么都有
