如果有条件,还是应该RACE,这是得到全长最正统的办法。知道几十bp应该够用了。
另外我奇怪的是,NCBI上没有你需要的蛋白的mRNA序列吗?猪是Sus scrofa,不妨再找找。既然小鼠和人里面都有,猪里面应该也有。你再去找找吧。如果能找到,设计引物就简单了。
还有一个办法,就是查查文献,有没有人以猪为对象做过这个gene,运气好的话能找到现成的primers的。
祝实验顺利。
用RACE和SMART进行其3’5’端的扩增
先找到已知序列的特异性引物,然后进行RACE扩增3’SMART扩增5’端
那你就用小鼠和人同源的那段来设计引物,但是要注意,PCR扩增的引物最后一个碱基必须匹配,否则无法扩增,所以实验要看运气了。因此你最好多设计几个3‘只相差一个碱基的引物,这样就可以确保最后一个碱基能匹配上
NCBI上先去找人的同源序列,前后的差异不会太大,然后查mRNA序列,然后在设计引物。