简单说：前者更偏重理论，后者更偏重工程应用，一般本科毕业获取学位的话，前者是理科学士，后者是工科学士；但是很多学校，这2个专业开设的课程很多都一致。不过，如果你想到将来毕业工作去通信企业/运营商等，通信工程更好点。
