A、含有同种分子，则只含有一种物质，故由同种分子构成的物质一定是纯净物，故A正确；
B、由同种元素组成的物质不一定是单质，例如氧气和臭氧混合，只含有一种元素，是混合物，故B错误；
C、氧化物是由两种元素组成且其中含有氧元素的化合物，相对分子质量最小的氧化物，则另一种元素的相对原子质量必然是最小的，氢原子相对原子质量是最小的，故所有氧化物中水的相对分子质量最小，故C正确；
D、纯净物是有一种物质组成的，均有固定的组成和构成方式，故D正确；
故选B．
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