尼罗河6月开始涨水,9月到达最高水位,最大洪峰在10月。原因上游位于埃塞俄比亚高原受那里的季节性降水影响
尼罗河上源卡格腊河发源于东非高原布隆迪高地，经维多利亚湖向北流出后，在苏丹和乌干达接壤处的尼穆莱以下称白尼罗河。尼穆莱以上为上游，继续北流至苏丹喀土穆汇合青尼罗河，形成尼罗河主流，喀土穆以下为下游北流入地中海。
喀土穆以上的白尼罗河流经赤道多雨区（热带雨林和热带草原气候区），径流季节变化较小。
青尼罗河发源于萨瓦纳（热带草原）气候的埃塞俄比亚高原，径流季节变化大，
每年6～10月流量大增，并携带大量肥沃土，汇入尼罗河干流，引起尼罗河下游的定期泛滥，并形成肥沃的三角洲。洪水期的水量主要来自青尼罗河，枯水期的水量主要来自白尼罗河。
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